MyISAM ou InnoDB
Quando da criação de um banco de dados no MySQL, muitas vezes o método de armazenamento é ignorado. Essa não é uma boa prática, pois a escolha do método mais adequado garante uma melhor performance do banco.
O MySQL suporta vários métodos de armazenamento, porém neste post tratarei apenas dos dois principais.
MyISAM
É o método padrão do MySQL. Se você criou um banco de dados e não se preocupou com a escolha do método de armazenamento, provavelmente sua base está usando MyISAM.
No geral este método apresenta um bom desempenho em todos os aspectos. É rápido, suporta índices e não possui restrições de uso de tipos de dados.
Pontos negativos: não suporta transações e seu nível de bloqueio é de tabela.
InnoDB
Se o banco de dados é grande e/ou complexo, InnoDB é a melhor escolha.
O método InnoDB oferece todos os recursos disponibilizados pelo MyISAM, mas além disso, oferece suporte a transações. Seu nível de bloqueio é de linha, por esse motivo, é mais eficiente, já que nunca bloqueia a tabela completamente.
Existem outros métodos suportados pelo MySQL. Para este post vou apenas cita-los. São eles: Merge, Memory, BerkeleyDB, Example, Archive, CSV e Blackhole.